Das Canisius-Kolleg ist eine Bildungseinrichtung getragen durch die “Deutsche Region der Jesuiten KdöR” (in der Zentraleuropäischen Jesuitenprovinz). Diese hat hierzu im Jahre 1923 eine gemeinnützige Gesellschaft mit beschränkter Haftung errichtet, die Canisius-Kolleg GmbH. Formal übt die “Deutscher Region der Jesuiten” die Trägerschaft als Mehrheitsgesellschafter der GmbH aus. Der Rektor des Kollegs ist Vertreter des zweiten Gesellschafters (Canisius-Kolleg e.V.) und repräsentiert den Träger u.a. als Geschäftsführer des Kollegs. Außer ihm werden die Schulleiterin und der geistliche Leiter der ISG direkt vom Provinzial ernannt. Der Kollegsrat besteht neben dem Rektor aus den Leitungen der Einrichtungen/Bereiche des Kollegs (Schule, ISG, Nachmittagsbetreuung, Verwaltung). Der Kollegsrat berät den Rektor insbesondere in Fragen des pädagogischen Profils und der Konzeption sowie in wirtschaftlichen Belangen.
