Das Canisius-Kolleg ist eine Bildungseinrichtung getragen durch die „Deutsche Region der Jesuiten KdöR“ (in der Zentraleuropäischen Jesuitenprovinz). Diese hat hierzu im Jahre 1923 eine gemeinnützige Gesellschaft mit beschränkter Haftung errichtet, die Canisius-Kolleg GmbH. Formal übt die „Deutscher Region der Jesuiten“ die Trägerschaft als Mehrheitsgesellschafter der GmbH aus. Der Rektor vertritt den Träger vor Ort. Außer ihm werden die Schulleiterin und der geistliche Leiter der ISG direkt vom Provinzial ernannt. Der Kollegsrat setzt sich aus den Leitungen der Einrichtungen/Bereiche des Kollegs zusammen (Schule, ISG, Nachmittagsbetreuung, Verwaltung). Der Kollegsrat berät den Rektor / Träger insbesondere in Fragen des pädagogischen Profils und der Konzeption sowie in wirtschaftlichen Belangen des Kollegs.
