Träger des Kollegs ist die deutsche Provinz der Jesuiten. Formal übt sie die Trägerschaft als Mehrheitsgesellschafter der gemeinnützigen Canisius-Kolleg GmbH aus. Der Rektor vertritt u.a. als Geschäftsführer den Träger in der Leitung des Kollegs. Außer ihm werden die Schulleiterin, die kaufmännische Leiterin und der geistliche Leiter der ISG direkt vom Provinzial ernannt. Die Kollegsleitung besteht neben dem Rektor aus den Leitungen der Abteilungen des Kollegs. Der Kollegsrat berät den Rektor insbesondere in Fragen des pädagogischen Profils und der Konzeption sowie in wirtschaftlichen Belangen.
